Rozhodujícím faktorem z hlediska tvorby povrchového odtoku, vodní eroze a transportu splavenin je stav zemědělských pozemků, na nichž za určitých podmínek při výskytu přívalových srážek dochází k extrémním odtokům s devastujícími účinky. Postihována je i lesní půda, zejména při uplatňování nešetrných těžebně dopravních technologiích a při nevhodné skladbě porostů. Řešení integrované ochrany území před nepříznivými a ničivými účinky soustředěného povrchového odtoku musí vždy začínat na ploše povodí. Návrhem a realizací integrované ochrany území lze dosáhnout ovlivnění odtoku srážkových vod prostředky ochrany a organizace povodí a vodohospodářskými opatřeními.
Nežádoucí účinky těchto povodní lze eliminovat vhodně navrženým komplexním systémem protipovodňových a protierozních opatření, který vychází z podrobné analýzy erozních a odtokových poměrů. Řadu vhodných opatření lze realizovat správnou zemědělskou praxí, na kterou je v rámci dotační politiky státu a EU kladen stále větší důraz dodržováním zákonných opatření stanovených v Kontrole podmíněnosti (crosscompliance) a zejména jejích standardů GAEC. Vymezené standardy hospodaření jsou definovány členskými státy Evropské unie v souvislosti se zachováním kvality půdy, minimální úrovní péče a ochrany vody a hospodaření s ní (na základě rámce stanoveného v příloze č. III nařízení Rady (ES) č. 73/2009). S účinností od 1. 7. 2011 došlo k dalšímu zpřísnění podmínek hospodaření, zemědělci musí chránit i tzv. mírně erozně ohrožené půdy.
Další opatření se realizují prostřednictvím komplexních pozemkových úprav (KPÚ) především pak budováním společných zařízení. V dosavadní praxi navrhování ochranných opatření není doposud pravidlem vyhodnocení ekonomické efektivnosti návrhu a z těchto důvodu často dochází k prosazování takových řešení ochrany území, která nejsou efektivní a komise strategických expertů je následně nucena takovéto projekty vyřadit z financování a tedy realizace. Právě při jednáních s členy této komise byla zmiňována potřeba zpracovat podklady a připravit nástroje, které přispějí hodnocení technickoekonomické účinnosti prvků protipovodňové a protierozní ochrany.
Efektivita (účinnost) může být hodnocena v měnových nákladech a výnosech, tj. náklady na implementaci vs. úspory a další výhody. Náklady mohou být posuzovány z hlediska pravděpodobnosti výskytu nebezpečných událostí (povodní), a jejich pravděpodobné závažnosti. Řešení pak směřují na vypracování návrhů nejvhodnější ochrany a organizace území a optimální orientace vývoje zemědělského hospodaření v silně ohrožených povodích. Zvláštní pozornost je věnována vymezení nejvhodnějších organizačních, agrotechnických, biotechnických a vodohospodářských opatření na celé ploše povodí, která přispějí k integrované ochraně sídel, vodohospodářské infrastruktury, dopravní infrastruktury a významných objektů v krajině a také k zabezpečení vydatnosti vodních zdrojů pro suchá období.